Selon la décision N°2012-001/0072/LONAB/PCA/DG du 23 janvier 2012 portant attribution, organisation et fonctionnement de la LONAB,elle est structurée comme suit :
- le Conseil d’Administration (CA) ;
- la Direction Générale (DG) ;
- le Secrétariat Général (SG) ;
- les Directions en ligne de conseil ;
- la Direction de l’Administration et de la Logistique (DAL)
- la Direction du Marketing (DM)
- la Direction des systèmes d’informations (DSI) ;
- la Direction des Ressources Humaines (DRH) ;
- la Direction des Finances et de la Comptabilité (DFC) ;
- les Directions Régionales (DR).
La Loterie Nationale Burkinabè est structurée en directions, services et agences (Cf. organigramme ci-dessus).
Les agences sont rattachées aux Directions Régionales comme suit:
Direction Régionale du Centre (Ouagadougou)
- Agence de Ouaga 1
- Agence de Ouaga Cissin
- Agence de Koudougou
- Agence de Ouahigouya
- Agence de Dori
- Agence de Kaya
- Agence de PO
Direction Régionale de l'Ouest (Bobo-Dioulasso)
- Agence de Banfora
- Agence de Gaoua
- Agence de Dédougou
- Agence de Boromo
- Agence de Houndé
Direction Régionale de l'Est (Koupèla)
- Agence de Pouytenga
- Agence de Fada
- Agence de Tenkodogo